Questo programma può lavorare in maniera completamente integrata (Modalità sincrona) o in maniera completamente distaccata (Modalità asincrona) rispetto il programma di protocollazione. 
Nella modalità sincrona, quando si acquisisce un nuovo documento da protocollare, questi si acquisisce direttamente da scanner e ad esso vengono associati i dati del protocollo entrata/uscita. In questo caso l’immagine viene memorizzata nell’archivio insieme ai dati del documento protocollato. 
Nella modalità asincrona l’archiviazione ottica del documento avviene in maniera completamente distaccata da quella di protocollazione, formando un archivio di immagini che può essere o meno collegata a quello dei documenti protocollati. 
Se si vuole in ogni caso effettuare il collegamento ad un documento protocollato in fase successiva alla registrazione di protocollo, occorre munire il documento che si sta protocollando di opportuna etichetta con codice a barre che il programma di protocollo fornisce e richiamare, in fase successiva, il documento così etichettato, leggendo il codice a barre con il previsto lettore laser.

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